目前海关征收的税主要有“关税、进口环节增值税、船舶吨税”三个税种。
关税是由海关根据国家制定的有关法律，以准许进出口的货物和进出境物品为征税对象而征收的一种税收。按征税货物和物品进出方向不同进行分类，可将关税分为进口关税、出口关税。
申报进入中华人民共和国海关境内的货物，均应缴纳增值税。确定一项货物是否属于进口货物，看其是否有报关手续。只要是报关进境的应税货物，不论其用途如何，是自行采购用于贸易，还是自用；不论是购进，还是国外捐赠，均应按照规定缴纳进口环节的增值税(免税进口的货物除外)。进口货物增值税，应当由进口人或其代理人向报关地海关申报纳税。
船舶吨税是海关对自境外港口进入境内港口的船舶所征收的一种税。作为一国船舶使用了另一国家的助航设施而向该国缴纳的一种税费，船舶吨税专项用于港口建设维护及海上干线公用航标的建设维护。
